在对原告诉请保护的信息构成商业秘密及原告有权主张权利作出肯定判断之后，下一步工作就是审查和判断被控侵权行为是否构成侵犯商业秘密行为。根据旧《反不正当竞争法》第10条第1款、第2款的规定，侵犯商业秘密行为包括以下四类:不正当获取商业秘密的行为，披露或者使用以不正当手段获取的商业秘密的行为，违反保密义务披露或者使用商业秘密的行为，第三人视为侵犯商业秘密的行为。但自2019年新《反不正当竞争法》修订之后，对侵犯商业秘密的行为进行了很大的拓展。根据新《反不正当竞争法》第九条第一款之规定，“经营者不得实施下列侵犯商业秘密的行为：
（一）以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密；
（三）违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密；
（四）教唆、引诱、帮助他人违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，获取、披露、使用或者允许他人使用权利人的商业秘密。
”此外还对第三人利用前员工侵犯他人商业秘密的行为进行了详细的说明，第九条第三款“第三人明知或者应知商业秘密权利人的员工、前员工或者其他单位、个人实施本条第一款所列违法行为，仍获取、披露、使用或者允许他人使用该商业秘密的，视为侵犯商业秘密。”
根据侵权诉讼的基本规律，原告应当证明被告存在上述侵权行为。由于侵犯商业秘密行为本身所具有的秘密、隐蔽的特点，要求原告举出直接证据证明被告实施了侵权行为非常困难，因此在审判实践中，对于被控侵权行为是否构成侵犯商业秘密行为，一般采取“相同或者实质性相似+接触-合法来源”的认定方法。

“相同或者实质性相似+接触-合法来源”的基本含义是：首先，原告需要证明其诉请保护的商业秘密信息与被控侵权信息的内容是相同或者实质性相似的;然后，原告还需要继续证明被控侵权人接触过或者可能接触到原告的商业秘密信息的事实；最后，若被告举证证明被控侵权信息有合法来源，原告还需要推翻该抗辩主张。只有在完成各个阶段的所有工作并能得出肯定结论后，才能认定商业秘密侵权行为的成立。当然，该认定方法并非适用一切商业秘密侵权案件。此外，上述各个步骤有其各自的具体要求，需要注意以下几点
1、“相同或实质性相似”需要进行对比，且与专利侵权诉讼中的“被诉侵权技术方案包含与权利要求记载的全部技术特征相同或者等同的技术特征的，人民法院应当认定其落入专利权的保护范围”的判断原则不同，若被控侵权信息中包含部分商业秘密内容，也符合“相同或者实质性相似”的特征。
2、“接触”的认定比较复杂。“接触”既包括“实际接触”，还包括“接触的可能”；“接触”的客体则是指行为人与权利人商业秘密的接触，行为人在不接触权利人的条件下也可能接触到权利人的商业秘密，如通过接触知悉商业秘密的权利人的离职职工而获取商业秘密。
3、“合法来源”包括自行开发或研制获得、通过反向工程获得以及客户名单商业秘密中的客户信赖等。
在司法实践中，很多商业秘密侵权案件的原告并不熟悉上述认定方法，更不了解各个步骤的具体要求，法院在案件审理的各个阶段均需要加强诉讼指导。如在审判实践中，有的原告未就商业秘密形成时间进行举证，也未就被告有通过人员跳槽等方式接触到原告商业秘密的可能进行举证，导致法院很难作出侵权判断。
此外，在认定商业秘密侵权行为时还应注意如下问题：
1、关于“不正当手段”的认定。
公司被告通常令抗辩其不知道相关A员有保密约定，不构成共同侵权;或者，公司被告在聘用相关人员后，将其安排在与商业秘密无关的岗位工作，等等。在此情况之下，如何认定公司与相关人员之间构成共同侵权？
2、“反向工程”抗辩对商业秘密司法保护的影响。
《不正当竞争司法解释》第12条规定，当事人以不正当手段知悉了他人的商业秘密之后，又以反向工程为由主张获取行为合法的，不予支持。如何具体适用上述规定？特别是在被告雇用原告的离职职工后通过离职职工进行大量试验取得原告商业秘密信息的情况下，能否通过“相同或实质性相似+接触-合法来源”的原则推定被告反向工程抗辩不成立？
3、被控侵权信息与商业秘密的比对。
在两者信息量大的情况下，如何比对，抽样比对是否科学？认定有部分信息相同又该如何确定其侵权的范围从而确定侵权损失的计算范围？
4. 保密协议和竞业限制协议对侵犯商业秘密行为认定的影响。
很多商业秘密侵权案件中，被告均是原告企业的离职职工，二者之间均曾经签定保密协议或者竞业限制协议。在认定被告是否侵犯原告的商业秘密时，需要明确两点：即便企业未与职工签订保密协议，职工是否也应当保守企业的商业秘密？即便企业未依竞业限制条款对职工给予补偿，职工是否可以随意泄露企业的商业秘密？